Autofagia este un pilon fundamental al imunității înnăscute — prima linie de apărare a corpului. Mecanismul anti-infecțios: xenofagia: forma de autofagie care degradează agenți patogeni intracelulari (bacterii, virusuri, paraziți) prinși în interiorul celulelor, prezentarea antigenelor: autofagia ajută celulele imune să prezinte fragmente de agenți patogeni altor celule imune, activând răspunsul imun adaptiv, reglarea inflamației: autofagia controlează producția de citokine inflamatorii — prevenind atât inflamația insuficientă cât și inflamația excesivă (furtuna de citokine). Patogeni controlați de autofagie: Mycobacterium tuberculosis (bacteria tuberculozei), virusul herpes simplex, Salmonella și alți agenți patogeni intracelulari. Studiile pe COVID-19: cercetările arată că autofagia eficientă reduce severitatea infecției cu SARS-CoV-2 prin limitarea replicării virale intracelulare. Strategii pentru autofagie imunitară optimă: post intermitent regulat, somn 7–8 ore (autofagia imunitară este maximă în somn), reducerea stresului cronic.